Година: 26XX сл. Хр. Архипелагът Галуга край бреговете на Нова Зеландия е епицентър на мистериозен метеоритен дъжд. Шест месеца по-късно, терористичната група Червен Сокол нахлува на острова и необичайни гравитационни вълни са засечени, произхождащи от района. Земната Федерация изпраща армията GX за разузнаване, но контактът е загубен. Без други възможности, Земният Морски Корпус изпраща най-елитните си войници - Бил Райзър и Ланс Бийн от отряда Контра - да разследват и неутрализират всякакви потенциални заплахи. Последвалият конфликт превръща някога спокойния остров в пълноценна военна зона, където съдбата на човечеството виси на косъм.

Ново допълнение към арсенала на Contra е системата Overload! Жертвайте излишните оръжия, за да освободите разнообразие от мощни ефекти!