Jahr: 26XX n. Chr. Das Galuga-Archipel vor der Küste Neuseelands ist der Ausgangspunkt für einen mysteriösen Meteoritenschauer. Sechs Monate später fällt die Terrorgruppe Red Falcon in die Insel ein, und ungewöhnliche Gravitationswellen werden aus dem Gebiet gemeldet. Die Erd-Föderation schickt die GX-Armee zur Aufklärung, aber der Kontakt geht verloren. Ohne andere gangbare Optionen schickt das Erd-Marinekorps seine elitärsten Soldaten - Bill Rizer und Lance Bean von der Contra-Einheit - um die Lage zu untersuchen und mögliche Bedrohungen zu neutralisieren. Der darauf folgende Konflikt verwandelt die einst friedliche Insel in eine ausgewachsene Kriegszone, in der das Schicksal der Menschheit am seidenen Faden hängt.

Eine neue Ergänzung zu Contras Arsenal ist das Overload-System! Opfere überschüssige Waffen, um eine Vielzahl mächtiger Effekte freizusetzen!