Alphadia Genesis erzählt ein episches Abenteuer mit Fray und seinem Ermittlungsteam aus dem Königreich Archleign, während sie versuchen, einen mysteriösen Mordfall in einer benachbarten Stadt zu lösen. Nach einigen ersten Ermittlungen schließen sich Fray und seine Gefährten mit Vertretern des Königreichs Ghalzabine zusammen. Dies führt zu intensiven Spannungen, da die Königreiche Archleign und Ghalzabine seit dem klonbasierten Krieg, bekannt als der 'Energi-Krieg', vor 15 Jahren eine angespannte Beziehung haben. Wendungen und Abenteuer erwarten Fray und seine Mitermittler, als sie entdecken, dass dieser besondere Fall mehr zu bieten hat, als es auf den ersten Blick scheint...