Alphadia Genesis spune o aventură epică cu Fray și echipa sa de investigație din Regatul Archleign, în timp ce încearcă să rezolve un caz misterios de crimă într-un oraș vecin. După câteva investigații inițiale, Fray și însoțitorii săi își unesc forțele cu reprezentanți din Regatul Ghalzabine. Acest lucru provoacă tensiuni intense, deoarece regatele Archleign și Ghalzabine au avut o relație tensionată de la războiul bazat pe clone, cunoscut sub numele de 'Războiul Energi', cu 15 ani înainte de investigația comună. Răsturnări de situație și aventuri așteaptă pe măsură ce Fray și colegii săi investigatori descoperă că acest caz particular are mai mult decât pare la prima vedere...