Scenariul are loc patru ani după evenimentele din MGS 4 Guns of the Patriot, unde Raiden s-a retras din activitatea activă și este membru al PMC-ului pașnic. În timpul unei misiuni de rutină, în care Raiden are sarcina de a proteja prim-ministrul unei țări africane, el este atacat de un ciborg dintr-un PMC rival, Desperado Enforcement. Ciborgul ucide prim-ministrul și îl mutilizează pe Raiden. Câteva săptămâni mai târziu, Raiden află că Desperado plănuiește un lovitură de stat în statul Abhazia. Echipat cu un nou corp de ciborg, Raiden merge la Sukhumi, capitala țării, pentru a proteja Abhazia de forțele PMC nemiloase.