Το εντερικό μικροβίωμα καθημερινά διαταράσσεται από πολλούς παράγοντες. Απλές καθημερινές συνήθειες, όπως το κάπνισμα ή/και η υπερκατανάλωση αλκοόλ επηρεάζουν αρνητικά τους πληθυσμούς των ωφέλιμων μικροοργανισμών του εντέρου. Η διατροφή είναι ακόμα ένας καθοριστικός παράγοντας, καθώς η υπερκατανάλωση ζωικών προϊόντων και ζάχαρης με την ταυτόχρονη μειωμένη λήψη φυτικών ινών, μπορούν να προκαλέσουν ανισορροπία στο εντερικό μικροβίωμα.
Η διατροφή μπορεί, επίσης, να επηρεάσει έμμεσα το μικροβίωμα του εντέρου, μέσω της ποσότητας αντιβιοτικών και φυτοφαρμάκων, τα οποία φτάνουν στον οργανισμό από τρόφιμα ζωικής και φυτικής προέλευσης αντίστοιχα. Ενώ και η ποσότητα χλωρίου στο νερό δρα αρνητικά για τη μικροχλωρίδα του εντέρου.
Μεγάλο είναι το ενδιαφέρον, ειδικά τα τελευταία χρόνια, σχετικά με την περιβαλλοντική μόλυνση και πως αυτή επηρεάζει όλους τους τομείς της υγείας, συμπεριλαμβανομένης της ισορροπίας του εντερικού μικροβιώματος. Τέλος, η σωματική και ψυχική καταπόνηση (στρες) και η πάροδος ηλικίας είναι ακόμα δυο καθοριστικοί παράγοντες για τους πληθυσμούς του εντερικού μικροβιώματος.
Όλα τα παραπάνω μπορούν να δημιουργήσουν συνθήκες δυσβίωσης στο εντερικό μικροβίωμα και να προκαλέσουν συμπτώματα του γαστρεντερικού συστήματος ή άλλες διαταραχές άλλοτε ήπιες και άλλοτε πιο έντονες. Η συμπλήρωση με προβιοτικά για την συμπλήρωση του εντερικού μικροβιώματος και την ομαλή λειτουργία του εντέρου είναι απαραίτητη σε καθημερινή βάση ακόμα και χωρίς εμφανή συμπτώματα.