Anul 1204 d.Hr.: Trupele celei de-a patra cruciade, care au invadat Imperiul Bizantin, ocupă și jefuiesc Constantinopolul. Grecia este împărțită: noi state grecești, franțuzești și venețiene sunt formate în regiunea Egee. Trei ani mai târziu, un grup divers de aventurieri condus de venețianul Marco Sanudo cucerește Naxos și alte insule din Ciclade.
De atunci, insula Ariadnei va deveni capitala Ducatului Egeei sau al Arhipelagului. Venețienii vor domni peste Naxos aproximativ trei și jumătate de secole, stabilind un sistem feudal care va dura până la începutul secolului al XIX-lea. Ca rezultat, puterea descendenților lor asupra localnicilor va fi în mare măsură menținută chiar și după ce insula este cucerită de turci.
În această perioadă, Naxos va fi ținta competiției venețiano-turce pentru dominație în Marea Egee, în timp ce sosirea și activitatea misionarilor în principal francezi pe insulă, cu toleranța otomanilor, va întări deja puternica prezență occidentală în Ciclade în timpul stăpânirii otomane.
Monumentele lăsate în urmă de cuceritori vor rămâne martori tăcuți ai prezenței și dominației latine în Naxos: Castelul Chora și turnurile răspândite în toată insula.