Ο Πέτρος Ιωαννίδης έζησε την εκλογική αναμέτρηση του 2009 από μέσα. Ως πολιτικός αναλυτής συμβούλευε ενεργά το επιτελείο του Γιώργου Παπανδρέου, που εξασφάλισε τη νίκη στο ΠΑΣΟΚ με τη μεγαλύτερη διαφορά που έχει δει το κόμμα από το 1981.